En las mesas del "Café Rain" ubicado en el centro de Bogotano, se estableció por medio de dos estudiantes de derecho de la Universidad del Rosario y ex alumnos del Gimnasio Moderno, el acta de fundación del Club Independiente Santa Fe. En un principio pensaron componerlo tan solo con ex alumnos del Gimnasio Moderno. Sin embargo, más adelante lo reforzaron con jugadores de otros colegios. En el primer año, el equipo obtuvo el campeonato de segunda categoría de la A.D.B. (Asociación Deportiva de Bogotá). Luego la prensa capitaliza empezó a pedir el ingreso del equipo a la primera categoría, donde debutó frente al equipo de la Universidad, vendiéndolo por 7-4.⁵

En 1942, bajo el mando del inglés Jaca Negreen, Santa Fe llegó a la final del Torneo de Cundinamarca. Éste es el primer precedente del club en un torneo importante antes del comienzo del campeonato colombiano.

Primer titulo

El 21 de mayo de 1948 varios dirigentes, entre ellos fundadores de Santa Fe, dieron origen a la División Mayor del Fútbol Colombiano "Di mayor", que serviría como base de consolidación y organización del fútbol profesional colombiano. El 26 de junio, los representantes de los equipos profesionales acordaron respaldar la creación de la Di mayor. Para el segundo semestre del mismo año, se acordó la celebración del primer campeonato profesional.

Cuando se inició la primera edición oficial del Campeonato Colombiano el domingo 15 de agosto de 1948, se presentaron apenas 11 equipos en total, entre los que se encontraba Independiente Santa Fe. Aunque no le daban como favorito, el club inició su campaña con una serie de buenos resultados en la ciudad de Manzaniles, donde igualo a tres goles con el Deportes Caldas;⁷ luego goleo al Atlético Municipal 5-2, a Millonarios 5-3 y el 26 de septiembre a Universidad 6-3. Un total de 8 puntos 21 goles a favor y solo 4 en contra hacían soñar con hacer historia en el comienzo del fútbol profesional colombiano. En octubre los equipos antiquismos le quitarían el invicto, Faldellín le ganaría 2-0 y Municipal lo vencería 2-1.

El 7 de noviembre, se enfrentó al Junior, su rival más próximo en la lucha por el campeonato, y quien se había acercado luego de los malos resultados del equipo bogotano. Las tribunas del Estadio Alonso Pezón de la Ciudad Universitaria se llenaron para celebrar la victoria aplastante de Santa Fe por 4-1, quien ya se veía cerca el título. Los partidos siguientes los ganó ante el América, Once Deportivo y Millonarios 2-1. El 19 de diciembre contra todos los pronósticos venció al Faldellín 6-0.

Santa Fe comenzó como un simple animador del torneo pero al final se coronó como el primer campeón del Fútbol Colombiano. Fue el equipo con mayor número de goles a favor, con 57 anotaciones; y además tuvo la valla menos vencida con tan solo 29 goles en contra